Za vlády císaře Diokleciána byl jednou z obětí jeho zásahů prostřednictvím čtyř protikřesťanských ediktů z let 303 a 304. Dnešní území Rakouska do té doby patřilo římské provincii Noricum a císař Dioklecián tuto provincii připojil k Pannonii. V okolí dnešního Lince, v městě Lauriacum (neboli Lorch) u soutoku Enže s Dunajem, dal jeho místodržitel Aquilinus pozavírat a usmrtit mnoho zdejších křesťanů. Když se to Florian dozvěděl, spěchal křesťanům na pomoc. Nebyl však dostatečně opatrný a po několika dnech byl zatčen a pod neustálým týráním měl zapřít Krista. Protože se nechtěl za žádnou cenu víry zříct a soud nevzal ohledy na jeho zásluhy v armádě a jeho bezúhonný život, vydal ho do rukou katů. Ti mu dne 4. května r. 304 přivázali na krk mlýnský kámen a hodili ho do řeky Enže poblíž římské osady Lauriacum (dnes Lorch, část obce Enns v Rakousku). Pohřeb byl nedaleko Lince, v místech kde dnes leží městys Sankt Florian, a nad jeho hrobem byl už v 6. století vystavěn augustiniánský klášter.

Floriánovo tělo nalezla vdova Valérie. Nad jeho hrobem časem vyrostl kostel a  benediktinský klášter , později klášter lateránských kanovníků podle řádu sv. Augustina, který nese název tohoto mučedníka St. Florian. Ve středověku se sv. Florián v lidovém podání stal ochráncem před velkou vodou i před suchem, při neúrodě polí, proti bouři a nebezpečí ohně (pro svou smrt ve vodě). Některá literatura uvádí, že jako malý chlapec zachránil svou modlitbou hořící dům (nebo podle jiné legendy uhasil v kritické chvíli hořící dům jediným vědrem vody a zabránil tak velkému neštěstí).

Známější legenda se váže k uhlíři, který upadl hořícího, větrem odkrytého milíře a vyzývavě světce byl přímluvou zachráněn, což dalo podnět k novému uctívání Floriána jako patrona proti ohni. Mimo hasičů je také patronem zedníků, kominíků, sládků, bednářů, hrnčířů, kovářů, mydlářů a všech kdo pracují s ohněm – je vzýván při spáleninách.